ஒரு முறை உள்ள ஒரு இரு-stranded டிஎன்ஏ முழுமையற்ற புரதம் கட்டுதல் பகுதியைத் அடையாளத்தை. ஒரு 5'-முடிவு டிஎன்ஏ முழுமையற்ற கொண்டு ³² P திணிக்கவும் மற்றும் டிஎன்ஏ-முழுமையற்ற-புரதம் வளாகம் கொண்ட ஒரு 3'-exonuclease டிஎன்ஏ-கட்டுதல் புரதம் பாதுகாக்கப்பட்ட பகுதியில் அது சந்திக்கும் வரை முடிவிலிருந்து 3'-digest செய்ய கையாளப்படும். , குறிக்கப்பட்ட strand என்பது characterized பின்னர் அதன் அளவாக இருந்து 5'-இறுதியில், முழுமையற்ற கட்டுதல் புரதம் தளத்தின் தூரம் வேண்டியுள்ளார். Footprinting கொடுக்கும், ஒரு சிறிய முழுமையற்ற கட்டுதல் தளத்தின் சரியான வரிசை முறை வகுப்புகளும் , தொழில்நுட்பம் செய்ய ஒரு பெரிய டிஎன்ஏ முழுமையற்ற, ஒரு குறிப்பிட்ட பிராந்தியத்தில் ஒரு கட்டுதல் தளத்தின் இணைய பொருட்களை உள்ளூர்மைய ஓரளவு உள்ளது.